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Deux nouvelles variantes d’Omicron se répandent. Conduiront-ils une nouvelle montée subite des États-Unis ?

Les nouvelles versions d’Omicron sont provoquant à nouveau une flambée de cas de COVID-19 en Afrique du Sudet des études montrent que ces nouvelles sous-variantes sont si différentes de la version originale d’Omicron que l’immunité générée par une infection antérieure peut ne pas fournir beaucoup de protection.

doublé BA.4 autre BA.5, les nouvelles sous-variantes sont presque identiques les unes aux autres, et toutes deux sont plus transmissibles que la sous-variante Omicron BA.2. En Afrique du Sud, ils a remplacé la souche BA.2 en moins d’un mois. Ils sont désormais responsables d’un pic de cas de COVID-19 en Afrique du Sud, qui ont triplé depuis mi-avril.

“Si vous n’étiez pas vacciné, vous n’obteniez presque aucune immunité contre BA.4 et BA.5”, explique Alex Sigal, virologue à l’Africa Health Research Institute et à l’Université du KwaZulu-Natal. “Il pourrait y avoir une certaine immunité qui peut être suffisante pour protéger contre une maladie grave, mais pas suffisante pour protéger contre une infection symptomatique.”

L’Afrique du Sud est le pays le plus touché du continentavec plus de 100 523 décès officiels dus au COVID-19– et c’est probablement un gros sous-estimer selon une étude récente Le Lancet. Avec BA.4 et BA.5 maintenant en hausse, le nombre de morts est susceptible de s’alourdir, car seul un un tiers de la population sud-africaine a reçu un vaccin contre le COVID-19; taux de la vaccination est encore plus faible dans le reste de l’Afrique.

Pour l’instant, la sous-variante connue sous le nom de BA.2.12.1 reste dominante aux États-Unis, provoquant de nouvelles les hospitalisations vont augmenter au cours de la dernière semaine de plus de 17 % à l’échelle nationale et jusqu’à 28 % dans la région des Grands Lacs, à Washington DC et dans la région environnante. Mais les nouvelles sous-variantes se sont répandues dans plus de 20 pays d’Amérique du Nord, d’Asie et d’Europe, et déjà 19 cas de BA.4 et six cas de BA.5 ont été identifiés aux États-Unis

En quoi BA.4 et BA.5 sont-ils différents des autres variantes d’Omicron ?

Afrique du Sud est devenu un point lumineux en Afrique pour le séquençage des échantillons du SRAS-CoV-2. Ce séquençage rapide a été essentiel pour alerter le monde en décembre 2021 de la découverte et de l’essor de la souche originale d’Omicron, appelée BA.1. Maintenant, la même équipe a découvert BA.4 et BA.5.

“Les sous-variantes BA.4 et BA.5 ont été identifiées parce que l’Afrique du Sud procède toujours au séquençage génétique vital que de nombreux autres pays ont cessé de faire”, a déclaré Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l’Organisation mondiale de la santé, lors d’une conférence. conférence de presse le 4 mai. « Dans de nombreux pays, nous sommes essentiellement aveugles à la façon dont le virus mute. Nous ne savons pas ce qui va suivre.”

Ce séquençage a révélé que pour BA.4 et BA.5, la protéine de pointe est similaire à celle de BA.2, à l’exception de six mutations. La protéine de pointe est la partie du virus SARS-CoV-2 qui s’ancre aux récepteurs sur cellules respiratoires humaines et permet au virus d’infecter la cellule.

“Les trois modifications présentes dans le pic de BA.4 et BA.5, par rapport à BA.2, sont très probablement associées à la fuite des anticorps et à l’amélioration de la forme virale et de la liaison au récepteur ACE2”, explique Olivier Schwartz, responsable du Virus et Immunité à l’Institut Pasteur en France.

Deux des changements sur la pointe peut rendre ces virus plus infectieux, explique Ravindra Gupta, immunologiste et spécialiste des maladies infectieuses à l’Université de Cambridge au Royaume-Uni comme le montrent ses précédentes recherches. L’avantage est que ces mêmes mutations permettent aux chercheurs de distinguer rapidement les nouveaux sous-variants de BA.2 dans un test PCR standard.

Une autre mutation présente dans BA.4 et BA.5 se trouve également dans d’autres variantes préoccupantes, notamment Delta, Kappa et Epsilon. Ça augmente infectivité et affaiblit l’immunité à partir d’anticorps existants, selon une étude préliminaire en provenance de Chine.

L’étude chinoise montre également qu’une rare monnaie vu auparavant seulement 54 fois parmi 10 millions de séquences virales aide BA.4 et BA.5 à échapper aux anticorps spécifiques de BA.1. Cette même mutation a également permis SARS-CoV-2 pour infecter le vison et le furets lors des foyers d’avril 2020 dans les élevages de visons.

En plus de ces mutations de protéines de pointe, BA.4 et BA.5 ont également de petits changements dans protéines virales dont la fonction exacte n’est pas bien connue.

Où BA.4 et BA.5 ont-ils évolué ?

Une analyse génétique préliminaire estime que les nouvelles sous-variantes peut provenir d’Afrique du Sud à peu près au même moment que d’autres variantes d’Omicron, à la mi-décembre 2021 et au début de janvier 2022, respectivement. Mais les scientifiques ne connaissent pas encore leur origine avec certitude.

“BA.4 et BA.5 pourraient bien provenir du même type de source commune que BA.1, BA.2 et BA.3, mais ce n’est pas certain”, déclare Richard Lessells, médecin spécialiste des maladies infectieuses à l’Université. du KwaZulu-Natal à Durban, Afrique du Sud. Il fait partie de l’équipe nationale de séquençage qui a découvert toutes ces variantes d’Omicron.

Les voies d’évolution possibles peuvent avoir été un animal hôte, comme une souris; ou il peut avoir été indiqué dans certains patients immunodépriméscomme cela a été démontré par accumulation de mutations au cours d’une infection chronique par Gupta.

“L’alternative est que BA.4 et BA.5 peuvent avoir évolué à partir de BA.2”, explique Lessells.

BA.4 et BA.5 esquivent l’immunité précédente

En premier étude de BA4 et BA.5 sur l’immunité, qui n’a pas encore été évaluée par des pairs, des scientifiques dirigés par Sigal, de l’Africa Health Research Institute, ont isolé des virus vivants à partir d’écouvillons nasaux. Les scientifiques ont ensuite effectué des tests pour voir si les anticorps de personnes non vaccinées et vaccinées qui avaient été infectées par la souche originale Omicron BA.1 il y a quelques mois à peine étaient capables de neutraliser ces nouvelles variantes. L’équipe de Sigal a découvert que ces anticorps n’étaient pas capables de protéger contre une infection symptomatique.

C’est inquiétant, car dans les pays à revenu faible ou intermédiaire moins d’une personne sur six a déjà reçu une seule dose d’un vaccin contre la COVID-19. Même aux États-Unis, près de 23 % de la population n’est toujours pas vaccinée.

“Les données BA.4/5 sont intéressantes et quelque peu surprenantes”, déclare Gupta, faisant référence à la forte baisse de l’immunité observée dans les études jusqu’à présent. “C’est plus que ce que j’aurais prévu”, dit-il. “Il se peut que [the] la biologie de ce virus a complètement changé en termes de rapidité avec laquelle il est capable d’évoluer. »

L’étude sud-africaine a de bonnes nouvelles pour les personnes vaccinées : “Nous avons constaté que vous bénéficiez d’une grande protection contre les vaccins, même si vous avez été infecté par Omicron malgré le fait d’être vacciné – beaucoup plus de protection que si vous n’étiez pas vacciné à l’avenir. », explique Sigal.

L’étude de Sigal suggère également que BA.4 et BA.5 peuvent provoquer une maladie moins grave, en particulier chez les personnes vaccinées, par rapport aux variantes précédentes d’Omicron. Cela peut expliquer pourquoi moins de personnes semblent contracter une maladie grave malgré l’augmentation du COVID-19 hospitalisations en Afrique du Sud. La durée médiane d’hospitalisation semble également être plus courte, mais les décès dus au COVID-19 augmentent plus rapidement chez les patients plus âgés.

“Les données BA.4/5 renforcent le besoin de rappels chez les personnes vulnérables pour maintenir les niveaux d’anticorps élevés”, déclare Gupta.

en attendant Moderna a publié des données sur son nouvel ARNm-1273.211 vaccin de rappel candidat – qui mélange une protéine de pointe ancestrale avec un imitateur de la variante de pointe bêta. Bien qu’ils n’aient pas encore été évalués par des pairs, les résultats semblent montrer une protection supérieure jusqu’à six mois, même contre la variante Omicron.

“Les vaccins sont conçus pour prévenir les maladies graves, pour nous tenir hors de l’hôpital et hors du ventilateur”, explique Lessells. “Et ils le font toujours extrêmement bien, face à toutes ces différentes variantes.”

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