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Les variantes COVID de Nightmare Omicron déchiffrent le code de nos systèmes d’immunité

Vous ne le savez peut-être pas en regardant autour de vous tous ces visages non masqués, mais il y a encore énormément de coronavirus nouveau là-bas. Et le virus semble muter plus rapidement que jamais, produisant régulièrement variantes et sous-variantes plus contagieuses.

La tendance évolutive du SRAS-CoV-2 ne signifie peut-être pas qu’il y aura certainement de fortes augmentations des infections, des hospitalisations et des décès. Du moins pas partout ou pour très longtemps.

Mais cela souligne une vérité inconfortable : que malgré la levée des restrictions COVID dans la plupart des pays ce ne sont pas Chine, malgré l’empressement de nombreuses personnes à surmonter la douleur et l’incertitude des deux dernières années, la pandémie n’est pas terminée. Le virus n’a pas fini de muter.

Les dernières sous-variantes sont les plus transmissibles à ce jour. BA.4 et BA.5, tous deux issus de la variante Omicron, est apparu pour la première fois en Afrique du Sud le mois dernier. BA.2.12 et le BA.2.12.1 étroitement lié s’est présenté pour la première fois à New York Autour du même moment.

BA.4 et BA.5 sont 10% plus contagieux que leur prédécesseur immédiat, la forme BA.2 d’Omicron. BA.2.12 et BA.2.12.1 sont 25 % plus contagieux. De manière tout aussi alarmante, BA.4, BA.5, BA.2.12 et B.2.12.1 deviennent rapidement dominants dans leurs régions d’origine respectives quelques mois seulement après que BA.2 soit devenu dominant. BA.2 pour sa part a surpassé et remplacé son propre parent, BA.1, quelques mois seulement après que BA.1 est devenu dominant.

En d’autres termes, de nouvelles sous-variantes majeures semblent nous arriver de plus en plus vite. En ce sens, le virus pourrait sembler gagner un jeu de hasard génétique. Confronté à une barrière semi-perméable d’anticorps provenant de vaccins et d’infections passées, l’agent pathogène devient de plus en plus transmissible.

La pression immunitaire “augmentera le taux de sélection de ces variantes plus adaptées qui circulent déjà dans la population”, a déclaré Edwin Michael, épidémiologiste au Center for Global Health Infectious Disease Research de l’Université de Floride du Sud, au Daily Beast. “Cela se traduira par des cascades de nouvelles variantes apparaissant et se propageant plus fréquemment dans la population hôte.”

Mais cette cascade de variantes est l’un des prix que nous payons pour notre immunité en expansion à l’échelle de la population. Vous ne pouvez pas avoir ce dernier sans obtenir certains des premiers. Ainsi, bien qu’il puisse sembler que COVID est en train de gagner, en fait, ses victoires génétiques pourraient être éphémères.

Niema Moshiri, généticienne à l’Université de Californie à San Diego, a exhorté l’année dernière The Daily Beast à considérer chaque infection au COVID comme un joueur jouant à une machine à sous. Chaque infection individuelle a tendance à produire deux mutations toutes les deux semaines, a expliqué Moshiri. En d’autres termes, le virus obtient deux coups de levier deux fois par mois, dans l’espoir de remporter un jackpot génétique qui lui donnera un nouvel avantage sur les autres virus – et une nouvelle façon d’infecter son hôte.

“Et si nous avions 50 millions de personnes tirant simultanément sur les manettes des machines à sous ?” demanda Moshiri. “Nous nous attendrions à ce qu’au moins une personne touche le jackpot assez rapidement. Maintenant, remplacez la machine à sous par une «mutation cliniquement significative du SRAS-CoV-2», et c’est la situation dans laquelle nous nous trouvons.

Pour compléter la métaphore, ajoutez un sentiment d’urgence croissant de la part du virus alors que l’immunité se profile plus haut tout autour de lui. Sentant des menaces tout autour de lui, le nouveau coronavirus joue aux machines à sous avec une détermination toujours plus sombre.

Un homme ajuste une tente de test COVID à Times Square le 27 avril.

Spencer Platt/Getty

Tout au long de les ondes virales et les crashs des 30 derniers mois, il n’y a jamais eu moins de plusieurs millions de cas actifs de COVID. Lors des pires poussées au début de 2021 et au début de 2022, il y a eu des dizaines de millions d’infections simultanées. Compte tenu du taux élevé de mutation du SRAS-CoV-2, il n’est pas étonnant que le virus ait produit une lignée constante de nouvelles variantes importantes – « lignée » est le terme scientifique.

Il y avait Delta, la lignée la plus virulente qui a provoqué les pires vagues d’infections de 2021 alors qu’une grande partie du monde commençait à peine à avoir accès à des thérapies et des vaccins efficaces. Fin 2022, des scientifiques du Botswana et d’Afrique du Sud ont détecté les premiers cas d’une nouvelle lignée, Omicron.

Des mutations le long de la protéine de pointe, la partie du virus qui l’aide à saisir et à infecter nos cellules, rendent Omicron plus contagieux que Delta. Le pire jour de la vague Omicron, le 19 janvier, les autorités ont dénombré pas moins de 4 millions de nouvelles infections en seulement 24 heures. C’est quatre fois plus de cas qu’ils ne comptaient sur les pires jours des vagues Delta consécutives en janvier et avril 2021.

Une forte adoption mondiale du vaccin, ainsi que des anticorps persistants chez des dizaines de millions de personnes en raison d’une infection passée, ont émoussé les pires résultats d’Omicron. Lorsque Omicron est apparu pour la première fois, environ la moitié des près de 8 milliards de personnes dans le monde avaient reçu au moins une dose de vaccin. Aujourd’hui, plus des deux tiers sont au moins partiellement piqués.

Ajoutez à cela des anticorps naturels provenant de centaines de millions d’infections passées, et le mur d’immunité de l’espèce humaine semble assez impressionnant. Les infections percées sont courantes, mais tous ces anticorps sont vraiment efficaces pour empêcher le virus de provoquer une maladie grave pouvant entraîner la mort.

Les cas ont donc augmenté à mesure qu’Omicron est devenu dominant, mais pas les décès. Le jour le plus meurtrier de la poussée d’Omicron le 9 février, 13 000 personnes sont mortes dans le monde, soit 5 000 de moins que le pire jour de Delta le 20 janvier 2021.

Plus de cas mais moins de décès, un phénomène que les épidémiologistes appellent « découplage », est venu définir l’évolution de la COVID alors que nous traversons la troisième année de la pandémie. Il y a des signes que le découplage pourrait en fait devenir plus extrême. Après tout, l’immunité qui conduit au découplage alors incite un virus à muter plus rapidement en des lignées toujours plus transmissibles.

L’immunité encourage les mutants, qui peuvent augmenter l’immunité en semant des anticorps à partir d’une infection bénigne. C’est une boucle de rétroaction positive accélérée dont les produits sont des anticorps et des lignées virales.

Un écart croissant entre les infections et les décès pourrait en fait être le meilleur scénario, en l’absence du nouveau coronavirus miraculeusement “auto-extinguible” en se précipitant dans un coin génétique. De nombreux experts croient fermement qu’une impasse évolutive est un vœu pieux en ce qui concerne les virus respiratoires. “Je pense que l’auto-extinction est extrêmement improbable”, a déclaré Jesse Bloom, chercheur au Fred Hutchinson Cancer Research Center dans l’État de Washington, au Daily Beast.

La mauvaise nouvelle est que nous devons probablement apprendre à faire face à des variantes et sous-variantes toujours plus contagieuses du SRAS-CoV-2 qui apparaissent de plus en plus rapidement. La bonne nouvelle est que nous savons comment faire face. BA.4, BA.5, BA.2.12 et BA.2.12.1 ont une certaine capacité à contourner nos anticorps induits par les vaccins et naturels – «l’évasion immunitaire», l’appellent les experts.

Un voyageur à l’aéroport international de Los Angeles porte un couvre-visage le 18 avril après qu’un juge fédéral de Floride a annulé le mandat national de masque couvrant les avions et autres transports publics.

MediaNews Group/Long Beach Press-Telegram via Getty

Une évasion immunitaire ne signifie pas une évasion immunitaire totale. Les anticorps naturels et vaccinaux fonctionnent toujours. Ils sont la raison pour laquelle les cas et les décès de la lignée de base Omicron se sont découplés. C’est aussi la raison pour laquelle le découplage est probable avec la méchante petite progéniture d’Omicron. “Les mutants ne semblent pas être aussi pathogènes que, disons, Delta”, a déclaré Stephanie James, responsable d’un laboratoire de test COVID à l’Université Regis du Colorado, au Daily Beast.

Tout cela pour dire, attendez-vous à entendre beaucoup parler de nouvelles lignées et sous-lignées dans les mois à venir à mesure qu’elles apparaissent et deviennent dominantes à un rythme accéléré. Ne soyez pas surpris si vous en attrapez un, même si vous êtes vacciné et boosté et que vous avez peut-être même des anticorps d’une infection passée.

Mais ne paniquez pas. Continuez vos vaccinations et tout ira probablement bien.

À moins, bien sûr, que l’évolution du SRAS-CoV-2 ne prenne une tournure dangereuse. L’évasion immunitaire a été assez mineure avec toutes les lignées et sous-lignées majeures que nous avons vues ces deux dernières années. Cela ne signifie pas que le virus ne peut pas évoluer pour atteindre une évasion immunitaire significative. Si les mutations sont comme l’agent pathogène jouant aux machines à sous et qu’un jackpot est une nouvelle variante, alors une variante qui peut percer nos anticorps est un méga-jackpot.

Si jamais le virus gagne que jouer, tout change.

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